phalcon-devtoolsをどこかにインストールします。

$ git clone https://github.com/phalcon/phalcon-devtools.git

NetBeansでPhalconのプロジェクトを右クリックし、「プロパティ」から「インクルード・パス」を選びます。

「フォルダの追加」ボタンを押し、「phalcon-devtools/ide/バージョン」フォルダを選択します。

これで自動補完が効くようになりました。