Phalcon DevToolsをインストールすると、以下のコマンドでプロジェクト(の雛形)を作成できますが、

$ phalcon project プロジェクト名 タイプ

タイプ別のフォルダ構成は以下のようになります。

micro(マイクロフレームワーク)

micro/
├── config
├── models
├── public
│   ├── css
│   ├── files
│   ├── img
│   ├── js
│   └── temp
└── views

simple(シンプルなMVC; デフォルト)

simple/
├── app
│   ├── cache
│   ├── config
│   ├── controllers
│   ├── models
│   └── views
│       ├── index
│       └── layouts
└── public
    ├── css
    ├── files
    ├── img
    ├── js
    └── temp

modules(モジュール別のMVC)

modules/
├── apps
│   └── frontend
│       ├── config
│       ├── controllers
│       ├── models
│       └── views
│           ├── index
│           └── layouts
├── config
└── public
    ├── css
    ├── files
    ├── img
    ├── js
    └── temp